一、黑斑病：是一种由假单孢菌引起的细菌性病害。发病后，金针菇菌盖出现椭圆形褐色或深褐色斑点，初为针尖状，扩大后直径达2-4毫米，边缘整齐，有时菌盖开裂。防治方法：关键是控制好适宜的温度和湿度。给菇房洒水时，不可将水直接洒在金针菇子实体上，杜绝用冷水喷洒。菇房内的湿度不宜长时间超过90%，要看天气变化洒水，晴天洒水要轻、勤、细；阴雨天要少洒或不洒水。每次洒水后先加强通风，然后覆盖地膜。出菇期间室内气温应调至17摄氏度以下。发病后要及时将病菇摘除，并喷洒每毫升100-200单位的农用链霉素或漂白粉600倍液。
二、锈斑病：是由假单孢菌引起的病害。主要是浸染金针菇菌盖，初期为针头状，后扩大成芝麻粒大小，边缘虽不整齐，但病斑之间可互相联合成不规则的大锈斑。
防治方法：为预防锈斑病的发生，对菇房洒水时不要直接洒向子实体，洒水后应及时通风，室内空气的相对湿度不要长时间超过95%，菌袋表面覆盖地膜时要待子实体水分晾干后。发病初期，应防止病菌向健康子实体蔓延，并用50%的多菌灵800倍液或每毫升含100-200单位的农用链霉素喷洒